MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/2-93 genome

Total Repeats: 20485

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022106	ATG	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349508
2	NC_022106	GTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532349508
3	NC_022106	TCC	2	6	1351	1356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532349508
4	NC_022106	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349508
5	NC_022106	T	6	6	1384	1389	0 %	100 %	0 %	0 %	532349508
6	NC_022106	AGC	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349508
7	NC_022106	AAG	2	6	1403	1408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349508
8	NC_022106	TAC	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349508
9	NC_022106	GCT	2	6	1451	1456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349508
10	NC_022106	AGTA	2	8	1489	1496	50 %	25 %	25 %	0 %	532349508
11	NC_022106	AAC	2	6	1549	1554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532349508
12	NC_022106	AGA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349508
13	NC_022106	AGA	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349509
14	NC_022106	ATC	2	6	1824	1829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349509
15	NC_022106	TGC	2	6	1844	1849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349509
16	NC_022106	ATGA	2	8	1893	1900	50 %	25 %	25 %	0 %	532349509
17	NC_022106	GATA	2	8	1931	1938	50 %	25 %	25 %	0 %	532349509
18	NC_022106	CAT	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349509
19	NC_022106	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349509
20	NC_022106	AAG	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349509
21	NC_022106	GGA	2	6	2061	2066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349509
22	NC_022106	AG	3	6	2153	2158	50 %	0 %	50 %	0 %	532349510
23	NC_022106	ATC	2	6	2190	2195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349510
24	NC_022106	TTTC	2	8	2228	2235	0 %	75 %	0 %	25 %	532349510
25	NC_022106	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532349510
26	NC_022106	AAC	2	6	2365	2370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532349510
27	NC_022106	GGT	2	6	2419	2424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532349510
28	NC_022106	AAT	2	6	2525	2530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532349510
29	NC_022106	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349510
30	NC_022106	GCA	2	6	2579	2584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349510
31	NC_022106	GGA	2	6	2627	2632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349510
32	NC_022106	CAG	2	6	2646	2651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349510
33	NC_022106	GTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349510
34	NC_022106	GGT	2	6	2755	2760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532349510
35	NC_022106	GA	3	6	2821	2826	50 %	0 %	50 %	0 %	532349510
36	NC_022106	T	6	6	2828	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	532349510
37	NC_022106	AAG	2	6	2913	2918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349510
38	NC_022106	ATT	2	6	2975	2980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349510
39	NC_022106	TTG	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349510
40	NC_022106	CATG	2	8	3109	3116	25 %	25 %	25 %	25 %	532349510
41	NC_022106	AAG	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349510
42	NC_022106	AAG	2	6	3153	3158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349510
43	NC_022106	CAG	2	6	3195	3200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349510
44	NC_022106	GCT	2	6	3266	3271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349510
45	NC_022106	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	532349510
46	NC_022106	TTCC	2	8	3414	3421	0 %	50 %	0 %	50 %	532349510
47	NC_022106	AAG	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349510
48	NC_022106	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349510
49	NC_022106	GGA	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349510
50	NC_022106	AAT	2	6	3579	3584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532349510
51	NC_022106	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	532349511
52	NC_022106	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349511
53	NC_022106	TGA	2	6	3689	3694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349511
54	NC_022106	TTTA	2	8	3812	3819	25 %	75 %	0 %	0 %	532349511
55	NC_022106	GTA	2	6	3921	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349511
56	NC_022106	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	532349511
57	NC_022106	AGA	2	6	3968	3973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349511
58	NC_022106	ATCC	2	8	4112	4119	25 %	25 %	0 %	50 %	532349511
59	NC_022106	GAA	2	6	4152	4157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349511
60	NC_022106	CGT	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349511
61	NC_022106	A	7	7	4328	4334	100 %	0 %	0 %	0 %	532349511
62	NC_022106	GTT	2	6	4335	4340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349511
63	NC_022106	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	532349511
64	NC_022106	A	7	7	4374	4380	100 %	0 %	0 %	0 %	532349511
65	NC_022106	TGA	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349511
66	NC_022106	AT	3	6	4514	4519	50 %	50 %	0 %	0 %	532349511
67	NC_022106	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	532349511
68	NC_022106	TTG	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349511
69	NC_022106	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349511
70	NC_022106	TCT	2	6	4800	4805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349511
71	NC_022106	AGA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349511
72	NC_022106	GTT	2	6	4847	4852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349511
73	NC_022106	GACG	2	8	4859	4866	25 %	0 %	50 %	25 %	532349511
74	NC_022106	GGT	2	6	4895	4900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532349511
75	NC_022106	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	532349511
76	NC_022106	TTGG	2	8	4962	4969	0 %	50 %	50 %	0 %	532349511
77	NC_022106	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532349511
78	NC_022106	AGC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349511
79	NC_022106	ATT	2	6	5147	5152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349512
80	NC_022106	TCT	2	6	5165	5170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349512
81	NC_022106	GCT	2	6	5211	5216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349512
82	NC_022106	GTCTT	2	10	5217	5226	0 %	60 %	20 %	20 %	532349512
83	NC_022106	GAT	2	6	5246	5251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349512
84	NC_022106	TC	3	6	5262	5267	0 %	50 %	0 %	50 %	532349512
85	NC_022106	GA	3	6	5273	5278	50 %	0 %	50 %	0 %	532349512
86	NC_022106	ACG	2	6	5284	5289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349512
87	NC_022106	GAA	2	6	5308	5313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349512
88	NC_022106	TGGA	2	8	5321	5328	25 %	25 %	50 %	0 %	532349512
89	NC_022106	AT	3	6	5377	5382	50 %	50 %	0 %	0 %	532349512
90	NC_022106	AGA	3	9	5385	5393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349512
91	NC_022106	GCT	2	6	5394	5399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349512
92	NC_022106	AGA	2	6	5403	5408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349512
93	NC_022106	TGG	2	6	5439	5444	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532349512
94	NC_022106	AGA	3	9	5457	5465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349512
95	NC_022106	GGA	2	6	5466	5471	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349512
96	NC_022106	TG	3	6	5530	5535	0 %	50 %	50 %	0 %	532349512
97	NC_022106	T	6	6	5608	5613	0 %	100 %	0 %	0 %	532349512
98	NC_022106	TCA	2	6	5651	5656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349512
99	NC_022106	GGA	2	6	5688	5693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349512
100	NC_022106	CTTT	2	8	5698	5705	0 %	75 %	0 %	25 %	532349512
101	NC_022106	CTT	2	6	5748	5753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349512
102	NC_022106	CTG	2	6	5754	5759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349512
103	NC_022106	CAG	2	6	5909	5914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349512
104	NC_022106	AG	3	6	5938	5943	50 %	0 %	50 %	0 %	532349512
105	NC_022106	GCA	2	6	5947	5952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349512
106	NC_022106	GGGA	2	8	6213	6220	25 %	0 %	75 %	0 %	532349512
107	NC_022106	AG	3	6	6412	6417	50 %	0 %	50 %	0 %	532349513
108	NC_022106	AGG	2	6	6438	6443	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349513
109	NC_022106	GAA	2	6	6482	6487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349513
110	NC_022106	GGTG	2	8	6516	6523	0 %	25 %	75 %	0 %	532349513
111	NC_022106	AAAT	2	8	6582	6589	75 %	25 %	0 %	0 %	532349513
112	NC_022106	GCA	2	6	6746	6751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349513
113	NC_022106	AAG	2	6	6787	6792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349513
114	NC_022106	TGC	2	6	6820	6825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349513
115	NC_022106	ATTT	2	8	7094	7101	25 %	75 %	0 %	0 %	532350346
116	NC_022106	TTA	2	6	7152	7157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532350346
117	NC_022106	ATTT	2	8	7185	7192	25 %	75 %	0 %	0 %	532350346
118	NC_022106	GAA	2	6	7201	7206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532350346
119	NC_022106	TCG	2	6	7314	7319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349514
120	NC_022106	TCC	2	6	7357	7362	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532349514
121	NC_022106	GTT	2	6	7465	7470	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349514
122	NC_022106	AC	3	6	7647	7652	50 %	0 %	0 %	50 %	532349514
123	NC_022106	T	6	6	7683	7688	0 %	100 %	0 %	0 %	532349514
124	NC_022106	TGGTA	2	10	7690	7699	20 %	40 %	40 %	0 %	532349514
125	NC_022106	AAGC	2	8	7820	7827	50 %	0 %	25 %	25 %	532349514
126	NC_022106	TTA	2	6	7835	7840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349514
127	NC_022106	A	6	6	7967	7972	100 %	0 %	0 %	0 %	532349514
128	NC_022106	T	6	6	8052	8057	0 %	100 %	0 %	0 %	532349514
129	NC_022106	TTC	2	6	8158	8163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349514
130	NC_022106	ATTG	2	8	8218	8225	25 %	50 %	25 %	0 %	532349515
131	NC_022106	GAA	2	6	8302	8307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349515
132	NC_022106	AG	3	6	8390	8395	50 %	0 %	50 %	0 %	532349515
133	NC_022106	ACC	2	6	8430	8435	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532349515
134	NC_022106	CTT	2	6	8483	8488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349515
135	NC_022106	CT	4	8	8509	8516	0 %	50 %	0 %	50 %	532349515
136	NC_022106	GAG	2	6	8563	8568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349515
137	NC_022106	ATA	2	6	8580	8585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532349515
138	NC_022106	GT	3	6	8591	8596	0 %	50 %	50 %	0 %	532349515
139	NC_022106	AGG	2	6	8604	8609	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349515
140	NC_022106	AGCG	2	8	8685	8692	25 %	0 %	50 %	25 %	532349515
141	NC_022106	AAAG	2	8	8706	8713	75 %	0 %	25 %	0 %	532349515
142	NC_022106	GAA	2	6	8784	8789	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349515
143	NC_022106	CAG	2	6	8800	8805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349515
144	NC_022106	A	7	7	8819	8825	100 %	0 %	0 %	0 %	532349515
145	NC_022106	TGT	2	6	8871	8876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349515
146	NC_022106	GAG	2	6	8886	8891	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349515
147	NC_022106	TAC	2	6	8954	8959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349515
148	NC_022106	G	8	8	9022	9029	0 %	0 %	100 %	0 %	532349515
149	NC_022106	CTTT	2	8	9046	9053	0 %	75 %	0 %	25 %	532349515
150	NC_022106	GTT	2	6	9058	9063	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349515
151	NC_022106	AAG	2	6	9082	9087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349515
152	NC_022106	CGAAA	2	10	9098	9107	60 %	0 %	20 %	20 %	532349515
153	NC_022106	GAG	2	6	9108	9113	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532349515
154	NC_022106	TTA	2	6	9398	9403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349516
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157	NC_022106	AATT	2	8	9525	9532	50 %	50 %	0 %	0 %	532349516
158	NC_022106	A	6	6	9560	9565	100 %	0 %	0 %	0 %	532349516
159	NC_022106	T	6	6	9574	9579	0 %	100 %	0 %	0 %	532349516
160	NC_022106	ATGG	2	8	9584	9591	25 %	25 %	50 %	0 %	532349516
161	NC_022106	TGC	2	6	9663	9668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349516
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163	NC_022106	GGCTG	2	10	9734	9743	0 %	20 %	60 %	20 %	532349516
164	NC_022106	TCG	2	6	9750	9755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349516
165	NC_022106	TGG	2	6	9773	9778	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532349516
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168	NC_022106	AGC	2	6	9984	9989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349517
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171	NC_022106	ATG	2	6	10159	10164	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349517
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175	NC_022106	T	8	8	10409	10416	0 %	100 %	0 %	0 %	532349517
176	NC_022106	GCAA	2	8	10426	10433	50 %	0 %	25 %	25 %	532349517
177	NC_022106	GGT	2	6	10443	10448	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532349517
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179	NC_022106	CAA	2	6	10511	10516	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532349517
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182	NC_022106	T	6	6	10616	10621	0 %	100 %	0 %	0 %	532349517
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257	NC_022106	CAG	2	6	14325	14330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349520
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262	NC_022106	CTT	2	6	14489	14494	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349520
263	NC_022106	A	6	6	14651	14656	100 %	0 %	0 %	0 %	532349520
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266	NC_022106	TTA	2	6	14780	14785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349520
267	NC_022106	ATT	2	6	14855	14860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349520
268	NC_022106	TTA	2	6	14870	14875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349520
269	NC_022106	CTT	2	6	14891	14896	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349520
270	NC_022106	TGT	2	6	14994	14999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349521
271	NC_022106	GATTT	2	10	15050	15059	20 %	60 %	20 %	0 %	532349521
272	NC_022106	TTTC	2	8	15079	15086	0 %	75 %	0 %	25 %	532349521
273	NC_022106	TCA	2	6	15161	15166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349521
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276	NC_022106	TAT	2	6	15467	15472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349521
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279	NC_022106	TCA	2	6	15698	15703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532349521
280	NC_022106	TTA	2	6	15706	15711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532349521
281	NC_022106	GTA	2	6	15715	15720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532349521
282	NC_022106	AG	3	6	15746	15751	50 %	0 %	50 %	0 %	532349521
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363	NC_022106	AAT	2	6	19796	19801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532349524
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377	NC_022106	AAGAT	2	10	21443	21452	60 %	20 %	20 %	0 %	532349526
378	NC_022106	A	6	6	21512	21517	100 %	0 %	0 %	0 %	532349526
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385	NC_022106	CT	4	8	21918	21925	0 %	50 %	0 %	50 %	532349526
386	NC_022106	GAC	2	6	22030	22035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532349526
387	NC_022106	TTTGC	2	10	22054	22063	0 %	60 %	20 %	20 %	532349526
388	NC_022106	TCT	2	6	22080	22085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349526
389	NC_022106	AT	3	6	22188	22193	50 %	50 %	0 %	0 %	532349526
390	NC_022106	TTG	2	6	22274	22279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349526
391	NC_022106	TTC	2	6	22343	22348	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532349526
392	NC_022106	T	6	6	22420	22425	0 %	100 %	0 %	0 %	532349526
393	NC_022106	AT	3	6	22512	22517	50 %	50 %	0 %	0 %	532349526
394	NC_022106	CTG	2	6	22523	22528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532349526
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396	NC_022106	GAA	2	6	22551	22556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349526
397	NC_022106	TTG	2	6	22605	22610	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349526
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401	NC_022106	GAA	2	6	22952	22957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532349526
402	NC_022106	TTG	2	6	22974	22979	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532349526
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405	NC_022106	GGTT	2	8	23095	23102	0 %	50 %	50 %	0 %	532349526
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473	NC_022106	T	7	7	27095	27101	0 %	100 %	0 %	0 %	532349528
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